La ENMH cuenta con dos clínicas que ofrecen diversos servicios, estas no dependen de la SEPI, su servicio externo representa ingresos para la ENMH atendiendo una creciente de demanda por servicio médico para un sector de la población de escasos recursos. Todo ello las convierte en el espacio idóneo para el desarrollo de investigación clínica que permita complementar la formación en este rubro de los estudiantes de ambos niveles académicos (licenciatura y posgrado).

La clínica de homeopatía cuya función principal es la de otorgar servicio a la comunidad y otra muy importante de enseñanza. Cuenta con 10 consultorios totalmente funcionales atendidos tanto por médicos pasantes como médicos homeópatas que además de brindar servicio médico a la población en general (función social) a un bajo costo ($ 71), apoya la enseñanza de esta terapéutica tanto a los alumnos de la licenciatura (MCH) que realizan servicio social en ella así como a los alumnos de la especialidad entrando en contacto directo con los pacientes y ver de primera mano cómo se lleva una consulta médico-homeopática.

La clínica de acupuntura al igual que la clínica de homeopatía cumple con una función dual servicio y enseñanza. Cuenta con 11 consultorios funcionales y 20 camas totales, el costo de la consulta es el mismo. A diferencia de la clínica de homeopatía, en este servicio solo participan los estudiantes inscritos en la especialidad de acupuntura humana por el enfoque per se de la terapéutica de la que se trata y sirve como campo clínico para los estudiantes que realizan sus estudios de posgrado.

La ENMH al contar con un posgrado como la maestría en Salud Ocupacional Seguridad e Higiene, cuyo objetivo es formar recursos humanos de alto nivel, capaces de identificar, analizar y evaluar los peligros laborales y sus riesgos asociados, en todo proceso de cualquier empresa, proponiendo alternativas de solución y mejora continua, y dado que su planta docente cuenta con el expertis necesario en el campo de la sanidad en diferentes entornos laborales, podrían ofertar servicios enfocados al diagnostico situacional de los centros de trabajo así como dictaminar riesgos de agentes físicos, químicos, biológicos, psicosociales y ergonómicos basados en las normas de la STPS, es decir, realizar peritajes pagando costos asequible por las empresas o instancias que así lo soliciten.