La Maestría en Ciencias en Biomedicina Molecular requiere una dedicación de tiempo completo. Los alumnos pueden recibir apoyo económico a través de la beca otorgada por CONACyT o bien del Programa de Becas Institucionales del IPN. Asi mismo, al integrase a un proyecto de investigación los estudiantes pueden acceder al apoyo económico a través del Programa Institucional para la Formación de Investigadores (PIFI) del IPN.

Durante el primer semestre los estudiantes de la maestría cursan las materias obligatorias impartidas por los profesores adscritos al Posgrado o bien con la participación de Profesores invitados de otras instituciones como la UAM, UNAM, UACM, CINVESTAV, IMSS, ISSTE, e Institutos de Salud de la Secretaría de Salud. Ademas, los alumnos eligen su tema y director de tesis dentro de las líneas de investigación que desarrollan los profesores del posgrado.

En el segundo semestre los estudiantes cursan el Seminario Departamental I y tres materias optativas (una de cada uno de los tres bloques) de las que ofrece el programa. En este periodo los alumnos se incorporan a alguno de los laboratorios de posgrado e inician el desarrollo de su proyecto de tesis y cuyo protocolo presentan al final del semestre ante los profesores y estudiantes del posgrado, así como su comité tutorial.

En el tercer y cuarto semestres los alumnos cursan las materias de Seminario Departamental II y III respectivamente y avanzan en la fase experimental de su proyecto de tesis. Al final  de cada semestre, son evaluados mediante la presentación de un seminario de los avances de su investigación ante su comité tutoral.

En el quinto semestre los estudiantes concluyen su trabajo experimental escritura de su tesis, para presentar la disertación publica de sus resultados y con ello obtener el grado de Maestro en Ciencias.

Todos los  alumnos inscritos al programa de Maestría asisten a los seminarios académicos organizados por el posgrado durante el desarrollo de todo su programa individual de estudios, con la finalidad de fomentar y enriquecer su formación académica.